Logo Hari Santri 2023 mengandung beberapa unsur mulai bendera merah putih, api berkobar, empat pilar bangsa, hingga goresan tinta yang memiliki syarat makna. Adapun makna filosofi logo Hari Santri Nasional 2023 sebagai berikut:
1. Bendera Merah Putih dan Api Berkobar Unsur ini menggambarkan rasa cinta tanah air yang penuh dengan semangat berkobar senantiasa terpatri dalam diri santri.
2. Teknologi Digital Unsur ini menggambarkan bahwa santri sudah sepatutnya sanggup menjawab tantangan perkembangan teknologi digital dengan meningkatkan pengetahuan.
3. Empat Pilar Kebangsaan Unsur ini menggambarkan Indonesia yang dibangun berdasarkan 4 pilar utama meliputi Pancasila, UUD 1945, Bhineka Tunggal Ika, dan Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI).
4. Santri Menjaga Negeri Unsur ini menggambarkan santri sebagai salah satu pihak yang berperan menjaga 4 pilar kebangsaan dengan komitmen dan jiwa nasionalisme.
5. Simbolisasi Huruf Nun Unsur ini menggambarkan pengetahuan sebagaimana huruf nun membuka Surah Al-Qalam. Nun disimbolkan sebagai tempat tinta yang diikuti adanya kalam serta tempat menulisnya disebut ayat.
6. Goresan Tinta pada Tema Unsur ini menyatakan jenis font yang digunakan untuk menggores tinta pada tema menggambarkan santri sebagai generasi penerus bangsa. Santri adalah para penerus yang akan menggoreskan kejayaan Indonesia dengan tinta emas.